Henry Morgenthau Senior.
jako raný Wilsonův stoupenec, Morgenthau předpokládal, že ho Wilson jmenuje do pozice na úrovni kabinetu, ale nový prezident měl pro něj jiné plány. Stejně jako jiní významní židovští Američané, Oscar Straus a Solomon Hirsch před ním, byl Morgenthau jmenován velvyslancem Osmanské říše. Wilson je předpoklad, že Židé nějak představoval most mezi Muslimskými Turky a Křesťanských Arménů trápilo Morgenthau; v odpovědi Wilson ujistil ho, že Porte v Istanbulu „byl bod, ve kterém se zájem Amerických Židů ve prospěch Židů z Palestiny je zaměřena, a to je téměř nevyhnutelné, že jsem Žid, že post“. Ačkoli sám sionista nebyl, Morgenthau se „horlivě“ staral o situaci svých spoluvěřících. Zpočátku tuto pozici odmítl, ale po cestě do Evropy, a s povzbuzením svého prosionistického přítele rabína Stephena Wise, přehodnotil své rozhodnutí a přijal Wilsonovu nabídku. V roce 1913 byl jmenován americkým velvyslancem v Osmanské říši a v této funkci působil až do roku 1916.
i když bezpečnost Amerických občanů v Osmanské Říši, především Křesťanští misionáři a Židů, se objevila velká v počátcích své velvyslance, Morgenthau řekl, že on byl nejvíce zaujatý arménské Otázky. Po vypuknutí války v roce 1914 USA zůstal neutrální, takže na Americkou Ambasádu – a potažmo Morgenthau – navíc zastoupeny mnoho Spojenců zájmy v Konstantinopoli (Istanbulu), od té doby se stáhla své diplomatické mise v důsledku bojů. Jako Osmanské úřady začaly arménské Genocidy v 1914-1915, Amerických konzulů s bydlištěm v různých částech Říše zaplavena Morgenthau stůl se hlásí téměř každou hodinu, dokumentující masakry a deportace pochody odehrávají. Tváří v tvář hromadícím se důkazům oficiálně informoval USA. vláda činnosti osmanské vlády a požádal Washington, aby zasáhl.
Americká vláda nicméně, ne chtít zatáhnout do sporů, zůstal neutrální sil v konfliktu na čas a vyjádřil trochu oficiální reakce. Morgenthau se konalo setkání na vysoké úrovni s představiteli Osmanské Říše, aby pomoci zmírnit postoj Arménů, ale Turci upuštěno a ignoroval jeho protesty. Slavně napomenul osmanského ministra vnitra Talaata Pašu a prohlásil: „naši lidé na tyto masakry nikdy nezapomenou.“Jako masakry pokračovaly v nezmenšené míře, Morgenthau a několik dalších Američanů se rozhodla založit veřejný fond-zvyšování, výbor pro pomoc Arménů – Výbor pro arménské Ukrutnosti (později přejmenována na Near East Relief) – vydělal přes 100 milionů dolarů na pomoc, což je ekvivalent $1 miliarda dnes. Díky přátelství s Adolphem Ochsem, vydavatelem The New York Times, Morgenthau také zajistil, že masakry budou i nadále dostávat prominentní pokrytí. The New York Times publikoval 145 článků jen v roce 1915.
podrážděný svým vztahem k Osmanské vládě rezignoval v roce 1916 na velvyslanectví. Ohlédnutí za tímto rozhodnutím v jeho vraždě národa, napsal, že přišel vidět Turecko jako “ místo hrůzy. Dosáhl jsem konce svých zdrojů. Našel jsem nesnesitelné mé další denní spojení s muži, nicméně laskavý a vstřícný…kdo byl ještě páchnoucí krví téměř milion lidských bytostí.“Publikoval své rozhovory s osmanskými vůdci a svůj popis arménské genocidy v roce 1918 pod názvem Příběh velvyslance Morgenthaua.
V červnu 1917 Felix Frankfurter spolu Morgenthau, jako zástupce Ministerstva Války, na tajné misi přesvědčit Turecko, aby opustit Ústředních Mocností ve válce úsilí. Cílem mise bylo „zlepšit stav židovských komunit v Palestině“. V roce 1918 Morgenthau dal veřejných projevů ve Spojených Státech varování, že Řekové a Asyřané byli vystaveni „stejné metody“, deportace a „velkoobchodní masakr“, jak Arménů, a to dva miliony Arménů, Řeků a Asyřanů již zahynuli.