Henry Morgenthau Sr.
Als früher Wilson-Unterstützer nahm Morgenthau an, dass Wilson ihn zu einer Kabinettsposition ernennen würde, aber der neue Präsident hatte andere Pläne für ihn. Wie andere prominente jüdische Amerikaner, Oscar Straus und Solomon Hirsch vor ihm, wurde Morgenthau zum Botschafter im Osmanischen Reich ernannt. Wilsons Annahme, dass Juden irgendwie eine Brücke zwischen muslimischen Türken und christlichen Armeniern darstellten, ärgerte Morgenthau; Als Antwort versicherte Wilson ihm, dass die Pforte in Istanbul „der Punkt sei, an dem sich das Interesse amerikanischer Juden am Wohlergehen der Juden Palästinas konzentriere, und es ist fast unverzichtbar, dass ich einen Juden auf diesem Posten habe“. Obwohl Morgenthau selbst kein Zionist war, kümmerte er sich „wild“ um die Notlage seiner Glaubensgenossen. Er lehnte die Position zunächst ab, aber nach einer Reise nach Europa und mit der Ermutigung seines prozionistischen Freundes Rabbi Stephen Wise überlegte er seine Entscheidung und nahm Wilsons Angebot an. 1913 wurde er zum US-Botschafter im Osmanischen Reich ernannt und bekleidete diese Position bis 1916.
Obwohl die Sicherheit amerikanischer Bürger im Osmanischen Reich, hauptsächlich christlicher Missionare und Juden, schon früh in seiner Botschafterzeit eine große Rolle spielte, sagte Morgenthau, dass ihn die Armenierfrage am meisten beschäftigte. Nach Kriegsausbruch 1914 wurden die USA. neutral blieb, so vertrat die amerikanische Botschaft – und damit Morgenthau – zusätzlich viele Interessen der Alliierten in Konstantinopel (Istanbul), da sie ihre diplomatischen Vertretungen aufgrund der Feindseligkeiten zurückgezogen hatten. Als die osmanischen Behörden 1914-1915 mit dem Völkermord an den Armeniern begannen, überfluteten die in verschiedenen Teilen des Reiches lebenden amerikanischen Konsuln fast stündlich Morgenthaus Schreibtisch mit Berichten, die die Massaker und Deportationsmärsche dokumentierten. Angesichts der sich ansammelnden Beweise informierte er die USA offiziell. regierung der Aktivitäten der osmanischen Regierung und bat Washington zu intervenieren.
Die amerikanische Regierung wollte sich jedoch nicht in Streitigkeiten hineinziehen lassen, blieb zu dieser Zeit eine neutrale Macht im Konflikt und äußerte wenig offizielle Reaktion. Morgenthau hielt hochrangige Treffen mit den Führern des Osmanischen Reiches ab, um die Position der Armenier zu lindern, aber die Türken verzichteten und ignorierten seine Proteste. Er ermahnte den osmanischen Innenminister Talaat Pascha mit den Worten: „Unser Volk wird diese Massaker nie vergessen.“ Als die Massaker unvermindert weitergingen, beschlossen Morgenthau und mehrere andere Amerikaner, ein öffentliches Spendensammelkomitee zu gründen, um den Armeniern zu helfen – das Komitee für armenische Gräueltaten (später in Near East Relief umbenannt) – und über 100 Millionen Dollar an Hilfe zu sammeln, was heute 1 Milliarde Dollar entspricht. Durch seine Freundschaft mit Adolph Ochs, Herausgeber der New York Times, sorgte Morgenthau auch dafür, dass die Massaker weiterhin prominent berichtet wurden. Die New York Times veröffentlichte allein 1915 145 Artikel.
Verärgert über seine Beziehung zur osmanischen Regierung trat er 1916 vom Botschafteramt zurück. Im Rückblick auf diese Entscheidung in seinem The Murder of a Nation schrieb er, er sei gekommen, um die Türkei als „einen Ort des Grauens“ zu sehen. Ich war am Ende meiner Ressourcen angelangt. Unerträglich fand ich meinen weiteren täglichen Umgang mit Männern, wie gnädig und zuvorkommend sie auch sein mögen, die immer noch nach dem Blut von fast einer Million Menschen stinkten.“ Er veröffentlichte seine Gespräche mit osmanischen Führern und seinen Bericht über den Völkermord an den Armeniern im Jahr 1918 unter dem Titel “ Morgenthaus Geschichte.
Im Juni 1917 begleitete Felix Frankfurter Morgenthau als Vertreter des Kriegsministeriums auf geheimer Mission, um die Türkei zur Aufgabe der Mittelmächte in den Kriegsanstrengungen zu bewegen. Die Mission hatte als erklärtes Ziel, „den Zustand der jüdischen Gemeinden in Palästina zu verbessern“. 1918 hielt Morgenthau öffentliche Reden in den Vereinigten Staaten, in denen er davor warnte, dass die Griechen und Assyrer den „gleichen Methoden“ der Deportation und des „Massenmassakers“ wie die Armenier ausgesetzt seien und dass bereits zwei Millionen Armenier, Griechen und Assyrer umgekommen seien.