Minamoto no Yoritomo
Tor von Seigan-ji in Nagoya, dem Ort der ehemaligen Familienvilla und seinem Geburtsort
Yoritomo war der dritte Sohn von Minamoto no Yoshitomo, Erbe des Minamoto-Clans (Seiwa Genji), und seine offizielle Frau Urahime war eine Tochter von Fujiwara no Suenori, der Mitglied des berühmten Fujiwara-Clans war. Yoritomo wurde in der Familienvilla in Atsuta in Nagoya, Provinz Owari (heute Seigan-ji) geboren. Zu dieser Zeit war Yoritomos Großvater Minamoto no Tameyoshi das Oberhaupt der Minamoto. Wie Benkei war sein Kindheitsname Oniwakamaru (鬼武丸). Er war ein Nachkomme von Kaiser Seiwa.
1156 brachen Fraktionsspaltungen am Hof zu offenen Kriegen innerhalb der Hauptstadt aus. Der Klausurkaiser Toba und sein Sohn Kaiser Go-Shirakawa stellten sich auf die Seite des Sohnes des Fujiwara-Regenten Fujiwara no Tadazane, Fujiwara no Tadamichi sowie Taira no Kiyomori (Erbe des Taira-Clans zu dieser Zeit), während der Klausurkaiser Sutoku sich auf die Seite von Tadazanes jüngerem Sohn Fujiwara no Yorinaga stellte. Dies ist als Hōgen-Rebellion bekannt.:210-211, 255
Der Minamoto-Clan wurde gespalten. Das Oberhaupt des Clans, Tameyoshi, stellte sich auf die Seite von Sutoku. Sein Sohn Yoshitomo (Vater von Yoritomo) stellte sich jedoch auf die Seite von Toba und Go-Shirakawa sowie von Kiyomori. Am Ende gewannen die Anhänger von Go-Shirakawa den Bürgerkrieg und sicherten so Yoshitomo und Kiyomori den Sieg. Sutoku wurde unter Hausarrest gestellt, und Yorinaga wurde in der Schlacht tödlich verwundet. Tameyoshi wurde von den Streitkräften von Yoshitomo hingerichtet. Nichtsdestotrotz waren Go-Shirakawa und Kiyomori rücksichtslos, und Yoshitomo fand sich als Oberhaupt des Minamoto-Clans wieder, während Yoritomo der Erbe wurde.
Yoritomo und der Minamoto-Clan stammten väterlicherseits von der kaiserlichen Familie ab. Nichtsdestotrotz begannen sich in Kyoto der Taira-Clan, der jetzt unter der Führung von Kiyomori stand, und der Minamoto-Clan unter der Führung von Yoshitomo erneut zu fraktionieren.:239-241, 256-257
Vier Jahre später unterstützte Kiyomori Fujiwara no Michinori. Yoshitomo unterstützte jedoch Fujiwara no Nobuyori. Dies wurde als Heiji-Rebellion bezeichnet. Die Villa des Ex-Kaisers wurde niedergebrannt, während Shinzei gefangen genommen und enthauptet wurde. Nichtsdestotrotz waren die Minamoto nicht gut vorbereitet, und die Taira übernahmen die Kontrolle über Kyoto. Yoshitomo floh aus der Hauptstadt, wurde aber später von einem Gefolgsmann verraten und hingerichtet.
In der Folgezeit wurden den Minamoto und ihren Verbündeten harte Bedingungen auferlegt. Nur Yoshitomos drei Jungen blieben am Leben, so dass Kiyomori und der Taira-Clan jetzt die unbestrittenen Führer Japans waren.: 258-260 Yoritomo, das neue Oberhaupt der Minamoto, wurde verbannt. Yoritomo wurde von Kiyomori wegen Bitten von Kiyomoris Stiefmutter nicht hingerichtet. Yoritomos Brüder Minamoto no Noriyori und Minamoto no Yoshitsune durften ebenfalls leben.