Minamoto no Yoritomo
Puerta de Seigan-ji en Nagoya, el sitio de la antigua villa familiar y su lugar de nacimiento
Yoritomo era el tercer hijo de Minamoto no Yoshitomo, heredero del clan Minamoto (Seiwa Genji), y su esposa oficial, Urahime, era hija de Fujiwara no Suenori, que era miembro del ilustre clan Fujiwara. Yoritomo nació en la villa familiar de Atsuta en Nagoya, provincia de Owari (actual Seigan-ji). En ese momento, el abuelo de Yoritomo, Minamoto no Tameyoshi, era el jefe de los Minamoto. Al igual que Benkei, su nombre de infancia era Oniwakamaru (鬼武丸). Era descendiente del emperador Seiwa.
En 1156, las divisiones de facciones en la corte estallaron en guerra abierta dentro de la capital. El emperador de clausura Toba y su hijo el emperador Go-Shirakawa se pusieron del lado del hijo del regente Fujiwara no Tadazane, Fujiwara no Tadamichi y Taira no Kiyomori (heredero del clan Taira en ese momento),mientras que el emperador de Clausura Sutoku se puso del lado del hijo menor de Tadazane, Fujiwara no Yorinaga. Esto se conoce como la Rebelión de Hōgen.:210-211, 255
El clan Minamoto se dividió. El jefe del clan, Tameyoshi, se puso del lado de Sutoku. Sin embargo, su hijo, Yoshitomo (padre de Yoritomo), se puso del lado de Toba y Go-Shirakawa, así como de Kiyomori. Al final, los partidarios de Go-Shirakawa ganaron la guerra civil, asegurando así la victoria para Yoshitomo y Kiyomori. Sutoku fue puesto bajo arresto domiciliario, y Yorinaga fue herido de muerte en batalla. Tameyoshi fue ejecutado por las fuerzas de Yoshitomo. Sin embargo, Go-Shirakawa y Kiyomori eran despiadados, y Yoshitomo se encontró a sí mismo como el jefe del clan Minamoto, mientras que Yoritomo se convirtió en el heredero.
Yoritomo y el clan Minamoto descendieron de la familia imperial por parte de su padre. Sin embargo, en Kioto, el clan Taira, ahora bajo el liderazgo de Kiyomori, y el clan Minamoto, bajo el liderazgo de Yoshitomo, comenzaron a fraccionarse de nuevo.:239-241, 256-257
Cuatro años después, Kiyomori apoyó a Fujiwara no Michinori. Sin embargo, Yoshitomo apoyó a Fujiwara no Nobuyori. Esto fue conocido como la Rebelión Heiji. La mansión del ex emperador fue quemada, mientras que Shinzei fue capturado y decapitado. Sin embargo, los Minamoto no estaban bien preparados, y los Taira tomaron el control de Kioto. Yoshitomo huyó de la capital, pero más tarde fue traicionado y ejecutado por un retenedor.
Después, se impusieron duras condiciones a los Minamoto y sus aliados. Solo los tres jóvenes de Yoshitomo seguían vivos, de modo que Kiyomori y el clan Taira eran ahora los líderes indiscutibles de Japón.: 258-260 Yoritomo, el nuevo jefe de los Minamoto, fue exiliado. Yoritomo no fue ejecutado por Kiyomori debido a las súplicas de la madrastra de Kiyomori. A los hermanos de Yoritomo, Minamoto no Noriyori y Minamoto no Yoshitsune también se les permitió vivir.