Human Microbiome Project

mikroskooppinen tutkimus terveestä ihmisruumiista on osoittanut, että mikrobisoluja on noin kymmenen tai yhden ihmisen soluja enemmän. Ennen HMP: n aloittamista tämä runsas ihmiseen liittyvien mikrobien yhteisö pysyi suurelta osin tutkimattomana, jolloin niiden vaikutus ihmisen kehitykseen, fysiologiaan, immuniteettiin ja ravitsemukseen jäi lähes täysin tuntemattomaksi. HMP perustettiin, ja sen tehtävänä oli tuottaa nopeasti ja laajasti yhteisiä tutkimusresursseja, jotka mahdollistavat ihmisen mikrobiston ja metabolisten kykyjen kattavan luonnehdinnan sekä niiden roolin analysoinnin ihmisten terveydelle ja sairauksille. HMP: n tuottamat tiedot ovat nyt maailmanlaajuisesti tutkijoiden ja muiden käytettävissä ihmisten terveyden ymmärtämiseksi ja parantamiseksi.

HMP: n ensimmäisessä vaiheessa keskityttiin DNA-sekvenssitietojen ja laskennallisten työkalujen kehittämiseen mikrobiomin luonnehtimiseksi terveillä aikuisilla ja ihmisillä, joilla oli tiettyjä mikrobiomiin liittyviä sairauksia. Ohjelman eettiset, oikeudelliset ja yhteiskunnalliset vaikutukset (ELSI) – osa arvioi ihmisen mikrobiomitutkimuksesta syntyviä kysymyksiä. HMP: n toinen vaihe, joka tunnetaan integratiivisena HMP: nä tai iHMP: nä, keskittyi luomaan integroituja tietokokonaisuuksia useista biologisista ominaisuuksista sekä mikrobiomista että isännästä ajan mittaan ihmisille, joilla on tiettyjä mikrobiomiin liittyviä sairauksia. IHMP: n pitkän aikavälin tavoitteena oli kehittää aineistoja ja työkaluja, joiden avulla yhteisö voi arvioida, mitkä mikrobiomin ja isännän biologiset ominaisuudet tuottavat tärkeitä uusia oivalluksia ihmisten terveyden ja sairauksien ymmärtämisessä.

kohokohtia HMP: n merkittävistä saavutuksista ovat:

• ihmisruumiista eristetyn ~3000 vertailubakteerigenomin sekvensointi
• mikrobiomin kattava profiili yli 300 terveeltä ihmiseltä
• maailman suurin metagenomisekvenssitieto yhdestä ihmiskohortista
• maailman ainoa täydellinen tieto bakteeri -, sieni -, virus-ja protistiyhteisön koostumuksesta yhdestä ihmiskohortista
• integroidut aineistot metagenomi -, transkriptio -, proteiini-ja metaboliittiprofiileista sekä mikrobiomista että isännästä useissa ihmiskohorteissa
• ohjelmistot ja online-resurssit apuna tutkimuksessa mikrobiomi
• iHMP: n tutkimukset ja aineistot keskosissa, tulehduksellisissa suolistosairauksissa ja esidiabeteksissa, jotka laajentavat isännän ja mikrobiomin yhteisvaikutuksia

lisätietoja HMP: stä, mukaan lukien tietokokonaisuudet, työkalut ja kehitetyt menetelmät, löytyy HMP: n Data Analysis and Coordinationng Centerin verkkosivuilta.

esimerkkejä HMP: n tutkijoiden havaitsemista mikrobiomin tärkeistä rooleista ihmisen taudissa on ohjelman kohokohdat-sivulla sekä kansanterveyden kannalta merkityksellisillä sivuilla.