Nepalin Bahadur Shah
hän teki Nuwakotista pääkaupunkinsa. Shah suhtautui kovasanaisesti yhdistymiseen tarjoten yhden vaihtoehdoista kuninkaiden ja prinssien valtioksi: hyväksyä Gorkhan suvereniteetti jatkaen samalla itsensä hallitsemista tai taistelua kuolemaan saakka.
monet pikkuvaltiot hyväksyivät liittämisen huomattavalla vastustuksella Jumlan ja Dotin taholta. Jumlan kuningas Shovan Shahi pakeni Kiinaan ja auttoi myöhemmin Kiinaa Kiinan-Nepalin sodassa. Dotin kuningas pakeni Brittiläiseen Intiaan ja avusti heitä Anglo-Nepalin sodassa. Mahtavasta Palpan kuningaskunnasta tehtiin liittolainen ja sille annettiin joitakin alueita palkkioksi.
Bahadur Šah murskasi Limbuwanin kapinan itärintamallaan ja liitti Sikkimin Sotakenraaleikseen Damodar panden ja Amar Singh Thapan kanssa. Amar Singh Thapa liitti Kumaonin kuningaskunnan itseensä ministerinsä Hari Singh Devin kehotuksesta. Seurasi kuitenkin vastarintaa ja sitten taistelu. Myöhemmin syrjäytetty Kumaoni-kuningas auttoi brittejä Anglo-Nepalin sodassa, mutta ei kyennyt palauttamaan valtakuntaansa takaisin.
vuonna 1788 Nepal hyökkäsi Tiibetiin väärennyskysymysten vuoksi ja myönsi turvapaikan sodassa kuolleelle Shamarpa lamalle. Kiinalainen Amban stationes Lhasassa veti Kiinan sotaan ja muutti sen Kiinan-Nepalin sodaksi vuonna 1792. Nepal pyysi Britannialta aseita, joista sovittelija eversti William Kirkpatrick kieltäytyi. Nepal kukistettiin ja Kiinan kanssa solmittiin rauhansopimus.
sodan jälkeen Garhwal alistui Gorkhan suvereniteettiin sen kuninkaan jatkaessa valtaansa. Siitä lähtien Nepal alkoi nähdä itsensä pan-Himalajan sotilaallisena Hindukuningaskuntana, joka vaati hill Hindukuninkaita antautumaan. Kangran ryhtyessä kuitenkin vastarintaan sikhien avustuksella syrjäytetyt kuninkaat alkoivat liittoutua brittien kanssa Nepalia vastaan.