Henry Morgenthau Sr.
En tant que premier partisan de Wilson, Morgenthau a supposé que Wilson le nommerait à un poste au niveau du cabinet, mais le nouveau président avait d’autres projets pour lui. Comme d’autres Américains juifs éminents, Oscar Straus et Solomon Hirsch avant lui, Morgenthau a été nommé ambassadeur auprès de l’Empire ottoman. L’hypothèse de Wilson selon laquelle les Juifs représentaient en quelque sorte un pont entre les Turcs musulmans et les Arméniens chrétiens a valu à Morgenthau d’être cité ; en réponse, Wilson lui a assuré que la Porte d’Istanbul « était le point où se concentrait l’intérêt des Juifs américains pour le bien-être des Juifs de Palestine, et il est presque indispensable que j’aie un Juif à ce poste ». Bien qu’il ne soit pas sioniste lui-même, Morgenthau se souciait » férocement » du sort de ses coreligionnaires. Il a d’abord rejeté le poste, mais après un voyage en Europe, et avec les encouragements de son ami pro-sioniste le rabbin Stephen Wise, il a reconsidéré sa décision et a accepté l’offre de Wilson. Nommé ambassadeur des États-Unis auprès de l’Empire ottoman en 1913, il occupe ce poste jusqu’en 1916.
Bien que la sécurité des citoyens américains dans l’Empire ottoman, principalement des missionnaires chrétiens et des Juifs, ait pris de l’importance au début de son mandat d’ambassadeur, Morgenthau a déclaré qu’il était le plus préoccupé par la question arménienne. Après le déclenchement de la guerre en 1914, les États-Unis. restée neutre, l’Ambassade américaine – et par extension Morgenthau – représentait en outre de nombreux intérêts des Alliés à Constantinople (Istanbul), car ils avaient retiré leurs missions diplomatiques en raison des hostilités. Alors que les autorités ottomanes commençaient le Génocide arménien en 1914-1915, les consuls américains résidant dans différentes parties de l’Empire inondaient le bureau de Morgenthau de rapports presque toutes les heures, documentant les massacres et les marches de déportation en cours. Face à l’accumulation de preuves, il a officiellement informé les États-Unis. gouvernement des activités du gouvernement ottoman et a demandé à Washington d’intervenir.
Cependant, le gouvernement américain, ne voulant pas se laisser entraîner dans des différends, est resté une puissance neutre dans le conflit à l’époque et a exprimé peu de réactions officielles. Morgenthau a tenu des réunions de haut niveau avec les dirigeants de l’Empire ottoman pour aider à alléger la position des Arméniens, mais les Turcs ont renoncé et ignoré ses protestations. Il a réprimandé le ministre ottoman de l’Intérieur Talaat Pacha en déclarant : « Notre peuple n’oubliera jamais ces massacres. »Alors que les massacres se poursuivaient sans relâche, Morgenthau et plusieurs autres Américains ont décidé de former un comité public de collecte de fonds pour aider les Arméniens – le Comité sur les atrocités arméniennes (plus tard renommé Secours au Proche–Orient) – recueillant plus de 100 millions de dollars d’aide, l’équivalent de 1 milliard de dollars aujourd’hui. Grâce à son amitié avec Adolph Ochs, éditeur du New York Times, Morgenthau a également veillé à ce que les massacres continuent de recevoir une couverture importante. Le New York Times a publié 145 articles en 1915 seulement.
Exaspéré par ses relations avec le gouvernement ottoman, il démissionne de son poste d’ambassadeur en 1916. Revenant sur cette décision dans son Le Meurtre d’une nation, il a écrit qu’il était venu voir la Turquie comme « un lieu d’horreur. J’avais atteint la fin de mes ressources. J’ai trouvé intolérable mon association quotidienne avec des hommes, aussi gracieux et accommodants soient-ilswho qui puaient encore avec le sang de près d’un million d’êtres humains. »Il a publié ses conversations avec les dirigeants ottomans et son récit du génocide arménien en 1918 sous le titre Histoire de l’Ambassadeur Morgenthau.
En juin 1917, Felix Frankfurter accompagne Morgenthau, en tant que représentant du Département de la Guerre, dans une mission secrète visant à persuader la Turquie d’abandonner les Puissances centrales dans l’effort de guerre. La mission avait pour objectif déclaré » d’améliorer la condition des communautés juives en Palestine « . En 1918, Morgenthau a prononcé des discours publics aux États-Unis avertissant que les Grecs et les Assyriens étaient soumis aux « mêmes méthodes » de déportation et de « massacre en gros » que les Arméniens, et que deux millions d’Arméniens, de Grecs et d’Assyriens avaient déjà péri.