Bahadur sah Nepál
tette Nuwakot fővárosa. A sah keményvonalas megközelítést alkalmazott az egyesüléshez, amely a királyok és hercegek államának egyik lehetőségét kínálta: fogadja el a Gorkha szuverenitását, miközben továbbra is uralkodjon, vagy halálig harcoljon.
számos kisebb állam jelentős ellenállással fogadta el az annektálást Jumla és Doti részéről. Jumla királya, Shovan Shahi, Kínába menekült, később segített Kínának a kínai-nepáli háború. Doti királya Brit Indiába menekült és segített nekik az angol-nepáli háborúban. A hatalmas Palpa királyságot szövetségessé tették, és néhány területet jutalomként adtak neki.
Bahadur sah leverte a Limbuwan lázadást a keleti frontján, és Damodar Pande-val és Amar Singh Thapával csatolta Sikkimet, mint katonai tábornokait. Amar Singh Thapa miniszterének meghívására csatolta Kumaon királyságot Hari Singh Dev. Azonban ellenállás következett, majd csata. Később a leváltott Kumaoni király segítette a briteket az angol-nepáli háborúban, de nem tudta helyreállítani királyságát.
1788-ban Nepál megtámadta Tibetet hamisítás miatt, és menedékjogot adott a háborúban elhunyt Shamarpa lámának. Kínai Amban stationes Lhászában háborúba vonszolta Kínát, 1792-ben kínai-nepáli háborúvá változtatva. Nepál Brit fegyvereket kért, amelyet William Kirkpatrick ezredes közvetítő elutasított. Nepált legyőzték, és békeszerződést írtak alá Kínával.
a háború után Garhwal alávetette magát Gorkhan szuverenitásának, királya pedig folytatta uralmát. Ettől kezdve Nepál a pán-himalájai katonai Hindu Királyságnak kezdte látni magát, amely azt követelte, hogy a hegyi Hindu királyok megadják magukat. Mivel azonban Kangra szikh segítséggel ellenállt, a leváltott királyok szövetségre léptek a britekkel Nepál ellen.