Idősebb Henry Morgenthau
korai Wilson-támogatóként Morgenthau feltételezte, hogy Wilson kinevezi kabinet szintű pozícióba, de az új elnöknek más tervei voltak vele. Mint más prominens zsidó amerikaiak, Oscar Straus és Solomon Hirsch előtte, Morgenthau – t nevezték ki az Oszmán Birodalom nagykövetének. Wilson feltételezése, hogy a zsidók valamilyen módon hidat jelentenek a muszlim törökök és a keresztény örmények között, Morgenthau-t rangsorolta; válaszul Wilson biztosította őt, hogy az Isztambuli Porte “az a pont, ahol az amerikai zsidók érdeke a Palesztinai zsidók jóléte iránt összpontosul, és szinte elengedhetetlen, hogy zsidó legyen abban a posztban”. Bár maga nem cionista, Morgenthau “hevesen” törődött vallástársainak helyzetével. Kezdetben elutasította ezt az álláspontot, de egy európai utat követően, cionista barátja, Stephen Wise rabbi bátorítására, átgondolta döntését, és elfogadta Wilson ajánlatát. 1913-ban kinevezték az Oszmán Birodalom Amerikai nagykövetévé, 1916-ig töltötte be ezt a pozíciót.
bár az Oszmán Birodalomban élő amerikai állampolgárok, főként a keresztény misszionáriusok és a zsidók biztonsága már Nagykövetsége elején nagy jelentőséggel bírt, Morgenthau azt mondta, hogy leginkább az örmény kérdés foglalkoztatja. Az 1914-es háború kitörése után az Egyesült Államok. semleges maradt, így az amerikai nagykövetség – és tágabb értelemben Morgenthau – a szövetségesek számos érdekeit képviselte Konstantinápolyban (Isztambul), mivel az ellenségeskedés miatt visszavonták diplomáciai képviseletüket. Amikor az oszmán hatóságok 1914-1915-ben megkezdték az örmény népirtást, a birodalom különböző részein lakó Amerikai konzulok szinte óránként jelentésekkel árasztották el Morgenthau íróasztalát, dokumentálva a mészárlásokat és a Deportálási meneteket. Szembesülve a felhalmozódó bizonyítékokkal, hivatalosan értesítette az Egyesült Államokat. az Oszmán kormány tevékenységének kormánya felkérte Washingtont, hogy avatkozzon be.
az amerikai kormány azonban nem akart vitákba keveredni, semleges hatalom maradt a konfliktusban abban az időben, és kevés hivatalos reakciónak adott hangot. Morgenthau magas szintű találkozókat tartott az Oszmán Birodalom vezetőivel, hogy segítsen enyhíteni az örmények helyzetét, de a törökök lemondtak és figyelmen kívül hagyták tiltakozását. Híresen intette az Oszmán belügyminisztert Talaat Pasa, kijelentve: “népünk soha nem fogja elfelejteni ezeket a mészárlásokat.”Ahogy a mészárlások folytatódtak, Morgenthau és több más amerikai úgy döntött, hogy létrehoz egy állami adománygyűjtő Bizottságot az örmények támogatására – az örmény atrocitások Bizottságát (később átnevezték közel – keleti segélyre) – több mint 100 millió dollár segélyt gyűjt, ami ma 1 milliárd dollárnak felel meg. Barátsága révén Adolph Ochs, kiadója a New York Times, Morgenthau azt is biztosította, hogy a mészárlások továbbra is kiemelkedő lefedettséget kapjanak. A New York Times 145 cikket tett közzé csak 1915-ben.
az Oszmán kormánnyal való kapcsolatától elkeseredve 1916-ban lemondott a nagykövetségről. Visszatekintve erre a döntésre a nemzet meggyilkolása, azt írta, hogy Törökországot “a horror helyének” tekintette. Elérkeztem az erőforrásaim végéhez. Elviselhetetlennek találtam a további napi kapcsolatomat olyan emberekkel, akik még mindig közel egymillió ember vérétől bűzlöttek.”Az Oszmán vezetőkkel folytatott beszélgetéseit és az örmény népirtásról szóló beszámolóját 1918-ban Morgenthau Nagykövet története címmel tette közzé.
1917 júniusában Felix Frankfurter a hadügyminisztérium képviselőjeként elkísérte Morgenthau-t egy titkos küldetésre, hogy meggyőzze Törökországot, hogy hagyja el a központi hatalmakat a háborús erőfeszítésekben. A misszió célja “a Palesztin zsidó közösségek állapotának javítása” volt. 1918-ban Morgenthau nyilvános beszédeket tartott az Egyesült Államokban arra figyelmeztetve, hogy a görögöket és asszírokat ugyanolyan “módszereknek” vetik alá a deportálásnak és a “tömeges mészárlásnak”, mint az örményeket, és hogy kétmillió örmény, görög és asszír már elpusztult.