Henry Morgenthau Sr.
初期のウィルソンの支持者として、モーゲンソーはウィルソンが彼を内閣レベルの地位に任命すると仮定したが、新大統領は彼のために他の計画を持っていた。 他の著名なユダヤ系アメリカ人、オスカー-シュトラウスやソロモン-ヒルシュと同様に、モルゲンソーはオスマン帝国の大使に任命された。 ウィルソンは、ユダヤ人が何らかの形でイスラム教徒のトルコ人とキリスト教徒のアルメニア人の間の橋を表しているという仮定はモルゲンタウをランク付けし、ウィルソンはイスタンブールのポルテは”パレスチナのユダヤ人の福祉におけるアメリカのユダヤ人の関心が集中している点であり、そのポストにユダヤ人がいることはほとんど不可欠である”と彼に保証した。 シオニスト自身はいなかったが、モルゲンソーは彼の共同宗教家の窮状について”fervidly”を気にしていた。 彼は当初この地位を拒否したが、ヨーロッパへの旅行の後、彼の親シオニストの友人ラビ・スティーブン・ワイズの励ましを受けて、彼は彼の決定を再考し、ウィルソンの申し出を受け入れた。 1913年に駐オスマン帝国大使に任命され、1916年までこの職にあった。
オスマン帝国におけるアメリカ市民、主にキリスト教の宣教師やユダヤ人の安全は、彼の大使就任の初期に大きく迫っていたが、モルゲンタウは彼が最もアルメニアの問題に没頭していたと述べた。 1914年に戦争が勃発した後、米国は 中立のままであったため、アメリカ大使館（そして拡張によってモルゲンタウ）は、敵対行為のために外交使節を撤退させたため、コンスタンティノープル（イスタンブール）における同盟国の利益の多くを代表していた。 オスマン帝国当局が1914年から1915年にかけてアルメニア人の大量虐殺を開始したとき、帝国のさまざまな地域に住むアメリカ領事はモルゲンタウの机にほぼ毎時間の報告を殺到させ、虐殺と国外追放の行進が行われていることを文書化した。 蓄積された証拠に直面して、彼は正式に米国に通知しました。 オスマン帝国政府の活動の政府と介入するためにワシントンに尋ねました。
しかし、アメリカ政府は紛争に巻き込まれることを望んでおらず、当時の紛争では中立的な権力を維持しており、公式の反応はほとんどなかった。 モルゲンタウはアルメニア人の地位を緩和するためにオスマン帝国の指導者とハイレベルの会議を開催したが、トルコ人は彼の抗議を放棄し、無視した。 彼は有名なオスマン帝国内務大臣タラート-パシャを諭し、”私たちの人々はこれらの虐殺を決して忘れることはありません。”虐殺が衰えることなく続いたので、Morgenthauと他のいくつかのアメリカ人は、アルメニア人を支援するための公的資金調達委員会（後にNear East Reliefと改名された）を結成することにしました。 ニューヨーク-タイムズの出版者アドルフ-オックスとの友情を通じて、モルゲンソーは虐殺が顕著な報道を受け続けていることを保証した。 ニューヨーク-タイムズは1915年だけで145の記事を発表した。
オスマン帝国政府との関係に憤慨し、1916年に大使を辞任した。 彼の国の殺人でその決定を振り返って、彼は彼が”恐怖の場所としてトルコを見るために来ていた書いた。 私は私の資源の終わりに達しました。 私は男性との私のさらなる毎日の関連付けが耐え難いことを発見しました,しかし、優雅で収容…まだほぼ百万人の人間の血で悪臭を放っていた人.「彼は1918年にオスマン帝国の指導者との会話とアルメニア人虐殺についての彼の記述を、大使Morgenthau’S Storyというタイトルで出版しました。
1917年6月、Felix Frankfurterは戦争部門の代表として、トルコに戦争努力の中で中央権力を放棄するよう説得する秘密の任務にMorgenthauに同行した。 このミッションは、”パレスチナのユダヤ人コミュニティの状態を改善する”ことを目的としていた。 1918年、モルゲンソーはアメリカで演説を行い、ギリシャ人とアッシリア人がアルメニア人と同じ追放と”卸売虐殺”の”同じ方法”にさらされており、アルメニア人、ギリシャ人、アッシリア人はすでに死んでいたと警告した。