Minamoto no Yoritomo
Poort van Seigan-ji in Nagoya, de site van de voormalige familie villa en zijn geboorteplaats
Yoritomo was de derde zoon van Minamoto no Yoshitomo, erfgenaam van de Minamoto (Seiwa Genji) clan, en zijn officiële vrouw, Urahime, was een dochter van Fujiwara no Suenori, die lid was van het illustere Fujiwara clan. Yoritomo werd geboren in de familievilla in Atsuta in Nagoya, provincie Owari (het huidige Seigan-ji). Op dat moment was Yoritomo ‘ s grootvader Minamoto no Tameyoshi het hoofd van de Minamoto. Net als Benkei was zijn jeugdnaam Oniwakamaru (鬼武丸). Hij was een afstammeling van keizer Seiwa.
In 1156 braken de divisies van het hof uit in een open oorlog in de hoofdstad. De kloosterlijke Keizer Toba en zijn zoon keizer Go-Shirakawa koos de kant van de zoon van Fujiwara regent Fujiwara no Tadazane, Fujiwara no Tadamichi en Taira no Kiyomori (erfgenaam van de Taira clan in die tijd),terwijl Keizer Sutoku de kant koos van Tadazane ‘ s jongere zoon, Fujiwara no Yorinaga. Dit staat bekend als de hogen-opstand.:210-211, 255
de Minamoto clan werd verdeeld. Het hoofd van de clan, Tameyoshi, koos de kant van Sutoku. Zijn zoon Yoshitomo (vader van Yoritomo) koos echter de kant van Toba en Go-Shirakawa, evenals Kiyomori. Op het einde, de aanhangers van Go-Shirakawa won de burgeroorlog, waardoor de overwinning voor Yoshitomo en Kiyomori. Sutoku werd onder huisarrest geplaatst en Yorinaga raakte dodelijk gewond in de strijd. Tameyoshi werd geëxecuteerd door de troepen van Yoshitomo. Go-Shirakawa en Kiyomori waren echter meedogenloos en Yoshitomo werd het hoofd van de Minamoto-clan, terwijl Yoritomo de erfgenaam werd.Yoritomo en de Minamoto clan stammen af van de keizerlijke familie van zijn vaders kant. Niettemin begonnen in Kyoto de Taira-clan, nu onder leiding van Kiyomori, en de Minamoto-clan, onder leiding van Yoshitomo, opnieuw te factionaliseren.:239-241, 256-257
vier jaar later steunde Kiyomori Fujiwara no Michinori. Yoshitomo ondersteunde echter Fujiwara no Nobuyori. Dit stond bekend als de Heiji-opstand. Het voormalige keizershuis werd in brand gestoken, terwijl Shinzei gevangen werd genomen en onthoofd. De Minamoto waren echter niet goed voorbereid en de Taira namen de controle over van Kyoto. Yoshitomo ontvluchtte de hoofdstad, maar werd later verraden en geëxecuteerd door een vazal.In de nasleep werden de Minamoto en hun bondgenoten harde voorwaarden opgelegd. Alleen de drie jonge jongens van Yoshitomo bleven in leven, zodat Kiyomori en de Taira-clan nu de onbetwiste leiders van Japan waren.: 258-260 Yoritomo, het nieuwe hoofd van de Minamoto, werd verbannen. Yoritomo werd niet geëxecuteerd door Kiyomori vanwege smeekbeden van Kiyomori ‘ s stiefmoeder. De broers Minamoto no Noriyori en Minamoto no Yoshitsune mochten ook in leven blijven.