Nawaz Sharif
tweede termijn als minister-president
kort na zijn tweede ambtstermijn dwong Sharif, gesteund door Bhutto, de opheffing van de grondwettelijke bepaling die zijn eerdere ontslag mogelijk maakte. Sharif begon ook de macht van de president en het leger te beknotten. Zijn poging om de benoeming van vijf extra rechters in het Hooggerechtshof laat in het jaar te blokkeren, leidde echter tot een constitutionele crisis. Opperrechter Sajjad Ali Shah, een andere rivaal van Sharif, werd later geschorst van het Hof vanwege een technisch detail. In plaats van een vervanger te benoemen voor de opperrechter, Pres. Farooq Leghari nam onverwacht ontslag nadat hij Sharif bitter beschuldigde van een poging om de macht te grijpen. De twee uitgangen van de president en van de opperrechter bleken een andere grote triomf voor Sharif.
ondanks een sterk mandaat kampte de regering van Sharif met ernstige problemen. Bezuinigingsmaatregelen uitgevoerd in opdracht van het Internationaal Monetair Fonds verminderde de overheidsuitgaven op een moment dat ongeveer de helft van het geld van het land werd toegewezen aan het aflossen van de schuld. Met een economie in puin, enorme buitenlandse schuld, wijdverbreide corruptie, corruptie, separatistische gevechten en een voortdurend conflict met buurland India, stond Sharif voor een moeilijke taak om het land vooruit te leiden.Eind jaren negentig bleef de economische situatie van Pakistan verslechteren. Sancties opgelegd door het Westen naar aanleiding van de ontploffing van nucleaire apparaten door Pakistan verergerde de crisis, en in 1998 was Pakistan bijna failliet. Sharif kwam al snel in conflict met een nieuwe legercommandant, Gen. Pervez Musharraf, en eind 1999 naar verluidt geweigerd om de vliegtuigen van Musharraf te laten landen. Sharif werd bijna onmiddellijk ten val gebracht door Musharraf tijdens een militaire staatsgreep en werd vervolgens berecht op beschuldiging van kaping en terrorisme, waarvoor hij tot levenslange gevangenisstraf werd veroordeeld. Nadat Sharif in 2000 had toegezegd Pakistan voor 10 jaar te verlaten in ruil voor het omzetten van zijn gevangenisstraf, werd hij vrijgelaten uit de gevangenis en ging hij in ballingschap in Saoedi-Arabië.Aangemoedigd door een uitspraak van het Hooggerechtshof van 2007, waarin werd bepaald dat hij vrij was om het land terug te keren, keerde Sharif in September van dat jaar terug naar Pakistan, in de hoop publieke steun te krijgen voor de verwijdering van Musharrafs steeds impopularere regel. De regering van Musharraf, echter, omzeilde de uitspraak van het Hooggerechtshof en regelde voor Sharif ‘ s arrestatie en deportatie terug naar Saoedi-Arabië binnen enkele uren na zijn terugkeer, een beweging die door velen werd gezien als een schending van de wet. In een bezoek aan Saoedi-Arabië enkele weken later verzocht Musharraf de Saoedische leiders om samen te werken om zijn tegenstander in het buitenland te houden tot de verkiezingen die gepland waren voor het begin van het volgende jaar; in antwoord daarop toonde Koning Abdullah een groeiende terughoudendheid om de Saoedische medeplichtigheid in de ballingschap van Sharif te behouden.Eind November 2007 liet Musharraf Sharif, samen met zijn vrouw en broer, ongehinderd in Pakistan aankomen met een vliegtuig van Abdullah. Sharif ‘ s aanhoudende populariteit werd onderstreept, zijn komst werd gekenmerkt door menigten van supporters; deze vieringen werden grotendeels ongehinderd door de politie. Na zijn terugkeer meldde Sharif zich aan om deel te nemen aan de verkiezingen van januari daaropvolgend, maar hij kondigde zijn weigering aan om premier te worden onder Musharraf en gaf aan dat een oppositieboycot van de stemming een optie bleef. Daarnaast riep Sharif op tot de terugkeer van een aantal rechters van het Hooggerechtshof die Musharraf had gezuiverd, omdat ze verwachtten dat ze zouden beslissen om zijn herverkiezing te annuleren.In December 2007 werd Bhutto, die onlangs ook was toegelaten om terug te keren naar Pakistan, vermoord tijdens een campagne in Rawalpindi. Bij de verkiezingen van februari 2008 won de PML-N ongeveer een vierde van de parlementszetels en werd tweede na Bhutto ‘ s partij-geleid door haar weduwnaar, Asif Ali Zardari—die ongeveer een derde van de zetels veroverde. In Maart vormden de twee partijen een coalitieregering.In de maanden na de oprichting van de regeringscoalitie ontstonden meningsverschillen, met name over het herstel van de rechters van het Hooggerechtshof die Musharraf eind vorig jaar had ontslagen, en deze geschillen dreigden de alliantie te destabiliseren. In augustus 2008 werd Musharraf aangeklaagd voor afzetting, maar op 18 augustus nam Musharraf ontslag. In het licht van voortdurende verschillen, waaronder geschillen over de opvolger van Musharraf, trok Sharif vervolgens de PML-N terug uit de regeringscoalitie en gaf aan dat zijn partij haar eigen kandidaat zou presenteren in de presidentsverkiezingen aangekondigd voor begin September. In de verkiezingen, echter, de kandidaten van noch de PML-N noch Musharraf ‘ s partij won genoeg steun om een uitdaging voor Zardari, en op September 6, 2008, werd hij verkozen tot president.In februari 2009 nam de wrijving tussen Zardari en Sharif toe toen het Hooggerechtshof besloot om Sharif ‘ s broer te diskwalificeren uit zijn positie als eerste minister van Punjab en om een verbod te handhaven dat Sharif zelf verbood een politiek ambt te bekleden (het verbod kwam voort uit zijn veroordeling tot kaping in 2000). Sharif beweerde dat de uitspraken van het hof waren politiek gemotiveerd en gesteund door Zardari. Ondertussen, de status van de rechters van het Hooggerechtshof ontslagen onder Musharraf, die nog niet was hersteld bleef een belangrijke bron van conflict tussen de twee rivalen. In Maart 2009 brak Sharif los van een poging om hem onder huisarrest te plaatsen en ging naar de hoofdstad, waar hij van plan was een bijeenkomst te houden ter ondersteuning van het herstel van de rechters. Geconfronteerd met dit vooruitzicht, stemde de regering in om opperrechter Iftikhar Mohammad Chaudhry en een aantal andere rechters van het Hooggerechtshof die nog niet waren teruggekeerd naar hun posten te herstellen, een beweging gezien als een belangrijke politieke overwinning voor Sharif. Sharif ‘ s broer werd kort daarna ook terug in zijn positie gebracht. Eind mei keerde het Hooggerechtshof de uitspraak van februari die een verbod had bevestigd om de politieke activiteiten van Sharif te beteugelen, terug en in juli werd Sharif vrijgesproken van kaping. Met de laatste van de juridische blokkades tegen hem verwijderd, werd Sharif gemachtigd om een openbaar ambt te bekleden. Sharif bleef een uitgesproken criticus van Zardari en de regerende Pakistan People ‘ s Party (PPP), waarbij hij de gevestigde orde beschuldigde van corruptie en economische onbekwaamheid.