Henry Morgenthau SR.
jako wczesny zwolennik Wilsona, Morgenthau zakładał, że Wilson mianuje go na stanowisko na szczeblu gabinetu, ale nowy prezydent miał wobec niego inne plany. Podobnie jak inni wybitni żydowscy Amerykanie, Oskar Straus i Salomon Hirsch przed nim, Morgenthau został mianowany ambasadorem w Imperium Osmańskim. Założenie Wilsona, że Żydzi w jakiś sposób stanowią pomost między muzułmańskimi Turkami a Chrześcijańskimi Ormianami, oceniło Morgenthaua; w odpowiedzi Wilson zapewnił go, że Porte w Stambule „jest punktem, w którym koncentruje się zainteresowanie amerykańskich Żydów dobrem Żydów z Palestyny, i jest prawie niezbędne, że mam Żyda na tym stanowisku”. Choć sam nie był syjonistą, Morgenthau troszczył się „żarliwie” o los swoich współwyznawców. Początkowo odrzucił to stanowisko, ale po podróży do Europy i z zachętą swojego pro-syjonistycznego przyjaciela Rabina Stephena Wise ’ a, ponownie rozważył swoją decyzję i przyjął ofertę Wilsona. Mianowany ambasadorem USA w Imperium Osmańskim w 1913 roku, pełnił tę funkcję do 1916 roku.
chociaż bezpieczeństwo amerykańskich obywateli w Imperium Osmańskim, głównie chrześcijańskich misjonarzy i Żydów, było duże na początku jego ambasadora, Morgenthau powiedział, że był najbardziej zajęty kwestią Ormian. Po wybuchu wojny w 1914 roku Stany Zjednoczone pozostała neutralna, więc ambasada amerykańska – a co za tym idzie Morgenthau-dodatkowo reprezentowała wiele interesów aliantów w Konstantynopolu (Stambule), ponieważ wycofali oni swoje misje dyplomatyczne z powodu działań wojennych. Gdy władze Osmańskie rozpoczęły ludobójstwo Ormian w latach 1914-1915, Amerykańscy konsulowie zamieszkujący różne części Imperium zalewali biurko Morgenthaua raportami prawie co godzinę, dokumentującymi masakry i marsze deportacyjne. W obliczu gromadzących się dowodów, oficjalnie poinformował USA. rząd zajął się działalnością rządu Osmańskiego i zwrócił się do Waszyngtonu o interwencję.
jednak rząd amerykański, nie chcąc dać się wciągnąć w spory, pozostał w tym czasie neutralną siłą w konflikcie i wyraził niewielką oficjalną reakcję. Morgenthau odbył spotkania wysokiego szczebla z przywódcami Imperium Osmańskiego, aby pomóc złagodzić pozycję Ormian, ale Turcy zrezygnowali i zignorowali jego protesty. Słynny upomniał Osmańskiego Ministra Spraw Wewnętrznych Talaata paszy, stwierdzając: „nasi ludzie nigdy nie zapomną tych masakr.”Gdy masakry nie ustąpiły, Morgenthau i kilku innych Amerykanów zdecydowało się utworzyć publiczny Komitet ds. zbierania funduszy, aby pomóc Ormianom-Komitet ds. okrucieństw Ormian (później przemianowany na Near East Relief) – zbierając ponad 100 milionów dolarów pomocy, równowartość 1 miliarda dzisiaj. Dzięki przyjaźni z Adolphem Ochsem, wydawcą „The New York Times”, Morgenthau zadbał również o to, aby masakry nadal cieszyły się dużym zainteresowaniem. Tylko w 1915 roku New York Times opublikował 145 artykułów.
zdenerwowany związkami z rządem Osmańskim, zrezygnował z urzędu ambasadora w 1916 roku. Patrząc wstecz na tę decyzję w swoim morderstwie narodu, napisał, że widział Turcję jako ” miejsce grozy. Dotarłem do końca moich zasobów. Uznałem za nie do zniesienia moją codzienną więź z ludźmi, jakkolwiek łaskaw i przychylni … którzy wciąż cuchnęli krwią prawie miliona ludzi.”Opublikował swoje rozmowy z przywódcami osmańskimi i swoją relację z ludobójstwa Ormian w 1918 roku pod tytułem Historia Morgenthaua.
w czerwcu 1917 Felix Frankfurter towarzyszył Morgenthauowi, jako przedstawiciel Departamentu Wojny, w tajnej misji mającej na celu przekonanie Turcji do porzucenia mocarstw centralnych w działaniach wojennych. Misja miała na celu „poprawę stanu społeczności żydowskich w Palestynie”. W 1918 Morgenthau wygłosił publiczne przemówienia w Stanach Zjednoczonych, ostrzegając, że Grecy i Asyryjczycy są poddawani „tym samym metodom „deportacji i” masakrze hurtowej”, co Ormianie, i że dwa miliony Ormian, Greków i Asyryjczyków już zginęło.