Human Microbiome Project

mikroskopowe badanie zdrowego ludzkiego ciała wykazało, że komórki mikrobiologiczne przewyższają liczbę komórek ludzkich o około dziesięć do jednego. Przed rozpoczęciem HMP ta obfita społeczność mikrobów związanych z człowiekiem pozostała w dużej mierze niezbadana, pozostawiając ich wpływ na rozwój człowieka, fizjologię, odporność i odżywianie prawie całkowicie nieznany. HMP został utworzony z misją generowania zasobów badawczych, które były szybko i szeroko udostępniane, umożliwiając kompleksową charakterystykę ludzkiej mikrobioty i jej możliwości metabolicznych oraz analizę ich roli w ludzkim zdrowiu i chorobie. Informacje generowane przez HMP są obecnie dostępne na całym świecie do wykorzystania przez badaczy i inne osoby w wysiłkach na rzecz zrozumienia i poprawy zdrowia ludzkiego.

pierwsza faza HMP koncentrowała się na opracowaniu zestawów danych sekwencji DNA i narzędzi obliczeniowych do charakteryzowania mikrobiomu u zdrowych osób dorosłych i osób ze specyficznymi chorobami związanymi z mikrobiomem. Etyczne, prawne i społeczne implikacje (ELSI) element programu oceniano problemy, które wynikają z badań mikrobiomu ludzkiego. Druga faza HMP, znana jako integracyjny HMP lub iHMP, koncentrowała się na tworzeniu zintegrowanych zestawów danych o wielu właściwościach biologicznych zarówno mikrobiomu, jak i gospodarza w czasie u osób ze specyficznymi chorobami związanymi z mikrobiomem. Długoterminowym celem iHMP było opracowanie zbiorów danych i narzędzi, które społeczność może wykorzystać do oceny, które właściwości biologiczne mikrobiomu i gospodarza dają ważne nowe wgląd w zrozumienie ludzkiego zdrowia i chorób.

najważniejsze osiągnięcia HMP to:

• sekwencjonowanie ~3000 referencyjnych genomów bakteryjnych wyizolowanych z ludzkiego ciała
• kompleksowy profil mikrobiomu od ponad 300 zdrowych ludzi
• największy na świecie zbiór sekwencji metagenomów z jednej kohorty ludzkiej
• jedyny na świecie kompletny zbiór danych o składzie społeczności bakteryjnej, grzybiczej, wirusowej i protisty z jednej kohorty ludzkiej
• zintegrowane zbiory danych o profilach metagenomicznych, transkrypcji, białek i metabolitów zarówno z mikrobiomu, jak i gospodarza w wielu kohortach ludzkich
• oprogramowanie i zasoby online, aby pomóc w badaniu microbiome
• badania iHMP i zbiory danych w przedwczesnym porodzie, zapalnej chorobie jelit i prediabetes, które rozszerzają nasze niewymagające interakcji host/microbiome

więcej informacji na temat HMP, w tym zestawów danych, narzędzi i metod, można znaleźć na stronie internetowej Centrum Analizy i koordynacji danych HMP.

przykłady ważnych ról dla mikrobiomu w chorobie człowieka odkrytych przez badaczy HMP można znaleźć na stronie najważniejsze informacje o programie oraz na stronie znaczenie dla zdrowia publicznego.