Minamoto no Yoritomo
Brama Seigan-ji w Nagoi, miejsce dawnej willi rodzinnej i miejsce jego narodzin
Yoritomo był trzecim synem Yoshitomo Minamoto, dziedzica klanu Minamoto (Seiwa Genji), a jego oficjalna żona, Urahime, była córką Fujiwara no Suenori, który był członkiem znakomitego klanu Fujiwara. Yoritomo urodził się w rodzinnej willi w Atsuta w Nagoi w prowincji Owari (dzisiejsze Seigan-ji). W tym czasie głową Minamoto był dziadek Yoritomo no Tameyoshi. Podobnie jak Benkei, jego imię z dzieciństwa brzmiało Oniwakamaru (鬼武丸). Był potomkiem cesarza Seiwy.
W 1156 r.frakcyjne podziały na dworze wybuchły w otwartej wojnie w stolicy. Panujący cesarz Toba i jego syn cesarz Go-Shirakawa stanęli po stronie syna Fujiwary regenta Fujiwary no Tadazane, Fujiwary no Tadamichi oraz Taira No Kiyomori (spadkobiercy klanu Taira w tym czasie), podczas gdy panujący cesarz Sutoku stanął po stronie młodszego syna Tadazane, Fujiwary no Yorinagi. Jest to znane jako bunt Hōgena.:210-211, 255
klan Minamoto został podzielony. Przywódca klanu, Tameyoshi, stanął po stronie Sutoku. Jednak jego syn, Yoshitomo (ojciec Yoritomo), stanął po stronie Toby I Go-Shirakawy, a także Kiyomoriego. Ostatecznie zwolennicy Go-Shirakawy wygrali wojnę domową, zapewniając w ten sposób zwycięstwo Yoshitomo i Kiyomoriemu. Sutoku został umieszczony w areszcie domowym, a Yorinaga został śmiertelnie ranny w walce. Tameyoshi został stracony przez siły Yoshitomo. Mimo to Go-Shirakawa i Kiyomori byli bezwzględni, a Yoshitomo znalazł się na czele klanu Minamoto, podczas gdy Yoritomo został dziedzicem.
Yoritomo i klan Minamoto wywodzili się z rodziny cesarskiej ze strony ojca. Niemniej jednak w Kioto klan Taira, teraz pod przywództwem Kiyomoriego, i klan Minamoto, pod przywództwem Yoshitomo, zaczęli ponownie frakcjonować.:239-241, 256-257
cztery lata później Kiyomori poparł Fujiwarę no Michinoriego. Jednak Yoshitomo poparł Fujiwarę No Nobuyori. Było to znane jako bunt Heiji. Rezydencja byłego cesarza została spalona, podczas gdy Shinzei został schwytany i ścięty. Minamoto nie byli jednak dobrze przygotowani i Taira przejęli kontrolę nad Kioto. Yoshitomo uciekł ze stolicy, ale później został zdradzony i stracony przez najemnika.
W następstwie tego na Minamoto i ich sojuszników nałożono surowe warunki. Tylko trzech młodych chłopców Yoshitomo pozostało przy życiu, dzięki czemu Kiyomori i klan Taira byli niekwestionowanymi przywódcami Japonii.: 258-260 Yoritomo, nowy przywódca Minamoto, został wygnany. Yoritomo nie został stracony przez Kiyomoriego z powodu próśb macochy Kiyomoriego. Bracia Yoritomo, Minamoto no noriyori i Minamoto no Yoshitsune również mogli żyć.