Minamoto no Yoritomo
Portão de Seigan-ji, em Nagoya, no sítio da antiga villa de família e seu local de nascimento
Yoritomo era o terceiro filho de Minamoto no Yoshitomo, herdeiro do Minamoto (Seiwa Genji) clã, e os seus oficiais esposa, Urahime, era filha de Fujiwara não Suenori, que era um membro da ilustre clã Fujiwara. Yoritomo nasceu na villa da família em Atsuta, em Nagoya, Província de Owari (atual Seigan-ji). Naquela época, o avô de Yoritomo, Minamoto no Tameyoshi, era o chefe dos Minamoto. Como Benkei, seu nome de infância era Oniwakamaru (鬼武丸). Era descendente do Imperador Seiwa.
em 1156, divisões fracionais na corte irromperam em guerra aberta dentro da capital. A clausura Imperador Toba e seu filho, o Imperador Go-Shirakawa lados com o filho de Fujiwara regente Fujiwara não Tadazane, Fujiwara não Tadamichi bem como Taira no Kiyomori (herdeiro do clã Taira no tempo),enquanto Clausura Imperador Sutoku lados com Tadazane filho mais novo, Fujiwara não Yorinaga. Isto é conhecido como a rebelião Hōgen.:210-211, 255
o clã Minamoto foi dividido. O chefe do Clã, Tameyoshi, ficou do lado de Sutoku. No entanto, seu filho, Yoshitomo (pai de Yoritomo), ficou do lado de Toba e Go-Shirakawa, bem como Kiyomori. No final, os apoiadores de Go-Shirakawa ganharam a guerra civil, garantindo assim a vitória para Yoshitomo e Kiyomori. Sutoku foi colocado sob prisão domiciliar, e Yorinaga foi fatalmente ferido em batalha. Tameyoshi foi executado pelas forças de Yoshitomo. No entanto, Go-Shirakawa e Kiyomori foram implacáveis, e Yoshitomo se viu como o chefe do Clã Minamoto, enquanto Yoritomo se tornou o herdeiro.Yoritomo e o clã Minamoto descendem da família imperial do lado de seu pai. No entanto, em Kyoto, o clã Taira, agora sob a liderança de Kiyomori, e o clã Minamoto, sob a liderança de Yoshitomo, começou a factionalize novamente.:239-241, 256-257
quatro anos depois, Kiyomori apoiou Fujiwara no Michinori. No entanto, Yoshitomo apoiou Fujiwara no Nobuyori. Isto era conhecido como a rebelião Heiji. A antiga mansão do imperador foi queimada, enquanto Shinzei foi capturado e decapitado. No entanto, os Minamoto não estavam bem preparados, e os Taira assumiram o controle de Kyoto. Yoshitomo fugiu da capital, mas mais tarde foi traído e executado por um retentor.
no rescaldo, Termos duros foram impostos aos Minamoto e seus aliados. Apenas os três meninos de Yoshitomo permaneceram vivos, de modo que Kiyomori e o clã Taira eram agora os líderes indiscutíveis do Japão.: 258-260 Yoritomo, o novo chefe dos Minamoto, foi exilado. Yoritomo não foi executado por Kiyomori por causa de apelos da madrasta de Kiyomori. Os irmãos de Yoritomo, Minamoto no Noriyori e Minamoto no Yoshitsune também foram autorizados a viver.