Henry Morgenthau Sr.
ca susținător timpuriu al lui Wilson, Morgenthau a presupus că Wilson îl va numi într-o funcție la nivel de cabinet, dar noul președinte avea alte planuri pentru el. Ca și alți evrei americani proeminenți, Oscar Straus și Solomon Hirsch înaintea lui, Morgenthau a fost numit ambasador în Imperiul Otoman. Presupunerea lui Wilson că evreii reprezentau cumva o punte între turcii musulmani și armenii creștini l-a clasat pe Morgenthau; în replică Wilson l-a asigurat că poarta din Istanbul „a fost punctul în care se concentrează interesul evreilor Americani pentru bunăstarea evreilor din Palestina și este aproape indispensabil să am un evreu în acel post”. Deși nu era sionist însuși, lui Morgenthau i-a păsat „fervid” de situația co-religioșilor săi. El a respins inițial poziția, dar în urma unei călătorii în Europa și cu încurajarea prietenului său Pro-sionist Rabin Stephen Wise, și-a reconsiderat decizia și a acceptat oferta lui Wilson. Numit ambasador al SUA în Imperiul Otoman în 1913, a ocupat această funcție până în 1916.
deși siguranța cetățenilor americani din Imperiul Otoman, în mare parte misionari creștini și evrei, a apărut la începutul mandatului său de Ambasador, Morgenthau a spus că este cel mai preocupat de problema armeană. După izbucnirea războiului în 1914, Statele Unite. a rămas neutră, astfel încât ambasada americană-și prin extensie Morgenthau-a reprezentat în plus multe dintre interesele Aliaților în Constantinopol (Istanbul), deoarece își retrăseseră misiunile diplomatice din cauza ostilităților. Pe măsură ce autoritățile otomane au început Genocidul armean în 1914-1915, consulii americani care locuiau în diferite părți ale Imperiului au inundat biroul lui Morgenthau cu rapoarte aproape în fiecare oră, documentând masacrele și marșurile de deportare care au loc. Confruntat cu dovezile acumulate, el a informat oficial SUA. guvernul a activităților guvernului Otoman și a cerut Washingtonului să intervină.
cu toate acestea, guvernul American, nevrând să fie târât în dispute, a rămas o putere neutră în conflict la acea vreme și a exprimat puțină reacție oficială. Morgenthau a ținut întâlniri la nivel înalt cu liderii Imperiului Otoman pentru a ajuta la atenuarea poziției armenilor, dar turcii au renunțat și au ignorat protestele sale. El l-a avertizat faimos pe ministrul Otoman de Interne Talaat Pașa, afirmând: „poporul nostru nu va uita niciodată aceste masacre.”Pe măsură ce masacrele au continuat nestingherite, Morgenthau și alți câțiva americani au decis să formeze un comitet public de strângere de fonduri pentru a ajuta armenii-Comitetul pentru atrocități armene (redenumit ulterior relieful din Orientul Apropiat) – strângând peste 100 de milioane de dolari în ajutor, echivalentul a 1 miliard de dolari astăzi. Prin prietenia sa cu Adolph Ochs, editor al New York Times, Morgenthau s-a asigurat, de asemenea, că masacrele au continuat să primească o acoperire proeminentă. New York Times a publicat 145 de articole numai în 1915.
exasperat de relația sa cu guvernul otoman, a demisionat din funcția de ambasador în 1916. Privind înapoi la această decizie în lucrarea sa uciderea unei națiuni, el a scris că a venit să vadă Turcia ca „un loc de groază. Am ajuns la capătul resurselor mele. Mi s-a părut intolerabilă asocierea mea zilnică cu bărbații, oricât de binevoitori și primitori…care încă miroseau a sângele a aproape un milion de ființe umane.”El și-a publicat conversațiile cu liderii otomani și relatarea despre genocidul armean din 1918 sub titlul povestea Ambasadorului Morgenthau.
în iunie 1917 Felix Frankfurter l-a însoțit pe Morgenthau, în calitate de reprezentant al Departamentului de război, într-o misiune secretă de a convinge Turcia să abandoneze Puterile Centrale în efortul de război. Misiunea a avut ca scop declarat „ameliorarea stării Comunităților Evreiești din Palestina”. În 1918 Morgenthau a ținut discursuri publice în Statele Unite avertizând că grecii și asirienii erau supuși „acelorași metode” de deportare și „Masacru cu ridicata” ca armenii și că două milioane de armeni, greci și asirieni pieriseră deja.