Henry Morgenthau Sr.
som en tidig Wilson-supporter antog Morgenthau att Wilson skulle utse honom till en kabinettnivå, men den nya presidenten hade andra planer för honom. Liksom andra framstående judiska amerikaner, Oscar Straus och Solomon Hirsch före honom, Morgenthau utsågs till ambassadör i det ottomanska riket. Wilsons antagande att judar på något sätt representerade en bro mellan muslimska turkar och kristna armenier rankled Morgenthau; som svar Wilson försäkrade honom att Porte i Istanbul ”var den punkt där intresset för amerikanska judar i välfärd judarna i Palestina är fokuserad, och det är nästan nödvändigt att jag har en judisk i den posten”. Även om ingen sionist själv brydde sig Morgenthau” fervidly ” om hans medreligionisters situation. Han avvisade ursprungligen positionen, men efter en resa till Europa och med uppmuntran från sin pro-sionistiska vän Rabbi Stephen Wise omprövade han sitt beslut och accepterade Wilsons erbjudande. Utnämnd till USA: s ambassadör i det ottomanska riket 1913, tjänstgjorde han i denna position fram till 1916.
även om säkerheten för amerikanska medborgare i det ottomanska riket, mestadels kristna missionärer och judar, vävde stort tidigt i sitt ambassadörskap, sa Morgenthau att han var mest upptagen av den armeniska frågan. Efter krigsutbrottet 1914, USA. förblev neutral, så den amerikanska ambassaden – och i förlängningen Morgenthau – representerade dessutom många av de allierades intressen i Konstantinopel (Istanbul), eftersom de hade dragit tillbaka sina diplomatiska beskickningar på grund av fientligheterna. När ottomanska myndigheter började det armeniska folkmordet 1914-1915 översvämmade de amerikanska konsulerna som bodde i olika delar av imperiet Morgenthaus skrivbord med rapporter nästan varje timme och dokumenterade massakrerna och deportationsmarscherna som ägde rum. Inför de ackumulerade bevisen informerade han officiellt USA. regeringen för den ottomanska regeringens verksamhet och bad Washington att ingripa.
den amerikanska regeringen, som dock inte ville dras in i tvister, förblev en neutral makt i konflikten vid den tiden och uttryckte lite officiell reaktion. Morgenthau höll möten på hög nivå med ledarna för det Ottomanska Riket för att hjälpa till att lindra armeniernas ställning, men turkarna avstod och ignorerade hans protester. Han förmanade den ottomanska inrikesministern Talaat Pasha och sade: ”Vårt folk kommer aldrig att glömma dessa massakrer.”När massakrerna fortsatte med oförminskad styrka beslutade Morgenthau och flera andra amerikaner att bilda ett offentligt insamlingsutskott för att hjälpa armenierna-Utskottet för armeniska grymheter (senare bytt namn till Near East Relief) – att samla in över 100 miljoner dollar i bistånd, motsvarande 1 miljard dollar idag. Genom sin vänskap med Adolph Ochs, utgivare av The New York Times, såg Morgenthau också till att massakrerna fortsatte att få framträdande täckning. New York Times publicerade 145 artiklar bara 1915.
upprörd över sitt förhållande till den ottomanska regeringen avgick han från ambassadörskapet 1916. Ser tillbaka på det beslutet i hans mordet på en Nation, han skrev att han hade kommit för att se Turkiet som ”en plats för skräck. Jag hade nått slutet på mina resurser. Jag fann oacceptabelt min ytterligare dagliga förening med män, hur nådiga och tillmötesgående…som fortfarande stinkade av blod från nästan en miljon människor.”Han publicerade sina samtal med ottomanska ledare och sin redogörelse för det armeniska folkmordet 1918 under titeln ambassadör Morgenthau’ s Story.
i juni 1917 följde Felix Frankfurter Morgenthau, som representant för krigsdepartementet, på ett hemligt uppdrag för att övertyga Turkiet att överge Centralmakterna i krigsansträngningen. Uppdraget hade som sitt uttalade syfte att”förbättra tillståndet för de judiska samhällena i Palestina”. År 1918 höll Morgenthau offentliga tal i USA och varnade för att grekerna och assyrierna utsattes för ”samma metoder” för utvisning och ”grossistmassakern” som armenierna, och att två miljoner armenier, greker och assyrier redan hade omkommit.