Minamoto no Yoritomo
porten till Seigan-ji i Nagoya, platsen för den tidigare familjevillan och hans födelseplats
Yoritomo var den tredje sonen till Minamoto no Yoshitomo, arvtagare till Minamoto (Seiwa Genji) klanen, och hans officiella fru, Urahime, var en dotter till Fujiwara no Suenori, som var medlem i den berömda Fujiwara-klanen. Yoritomo föddes i familjen villa i Atsuta i Nagoya, Owari-provinsen (dagens Seigan-ji). Vid den tiden var yoritomos farfar Minamoto no Tameyoshi chef för Minamoto. Precis som Benkei var hans barndomsnamn Oniwakamaru (Brasilien). Han var en ättling till kejsaren Seiwa.
år 1156 bröt fraktionsavdelningar i domstolen ut i öppen krigföring inom huvudstaden. Den klostrade kejsaren Toba och hans son kejsare Go-Shirakawa gick med sonen till Fujiwara regent Fujiwara no Tadazane, Fujiwara no Tadamichi såväl som Taira no Kiyomori (arvtagare till Taira-klanen vid den tiden),medan Klostrade kejsare Sutoku gick med Tadazanes yngre son, Fujiwara no Yorinaga. Detta kallas för H-upproret.:210-211, 255
Minamoto-klanen delades. Klanens Huvud, Tameyoshi, sidade med Sutoku. Men hans son, Yoshitomo (far till Yoritomo), stod på Toba och Go-Shirakawa, liksom Kiyomori. Till slut vann supporterna till Go-Shirakawa inbördeskriget och säkerställde därmed segern för Yoshitomo och Kiyomori. Sutoku placerades i husarrest och Yorinaga skadades dödligt i strid. Tameyoshi avrättades av Yoshitomos styrkor. Ändå var Go-Shirakawa och Kiyomori hänsynslösa, och Yoshitomo befann sig som chef för Minamoto-klanen, medan Yoritomo blev arvtagare.
Yoritomo och Minamoto-klanen härstammar från den kejserliga familjen på sin fars sida. Ändå, i Kyoto, Taira-klanen, nu under ledning av Kiyomori, och Minamoto-klanen, under ledning av Yoshitomo, började fraktionera igen.:239-241, 256-257
fyra år senare stödde Kiyomori Fujiwara no Michinori. Yoshitomo stödde dock Fujiwara no Nobuyori. Detta var känt som Heiji-upproret. Ex-kejsarens herrgård brändes, medan Shinzei fångades och halshöggs. Ändå var Minamoto inte väl förberedd, och Taira tog kontroll över Kyoto. Yoshitomo flydde från huvudstaden men förråddes senare och avrättades av en hållare.
i efterdyningarna infördes hårda villkor för Minamoto och deras allierade. Endast Yoshitomos tre unga pojkar levde kvar, så att Kiyomori och Taira-klanen nu var Japans obestridda ledare.: 258-260 Yoritomo, den nya chefen för Minamoto, förvisades. Yoritomo avrättades inte av Kiyomori på grund av grunder från Kiyomoris styvmor. Yoritomos bröder, Minamoto no Noriyori och Minamoto no Yoshitsune fick också leva.