Oligomer

V chemii a biochemii, oligomeru (/əˈlɪɡəmər/ (zvukposlech)) je molekula, která se skládá z několika podobných nebo stejných opakujících se jednotek, které by mohly být odvozeny, skutečně nebo koncepčně, z kopie menší molekuly, jeho monomeru. Název je složen z řeckých prvků oligo-, „pár“ a-mer, „části“. Adjektivní forma je oligomerní.

ether 15-crown-5 crown, cyklický oligomer a jeho monomer, ethylenoxid.

koncept oligomeru kontrastoval s konceptem polymeru, který se obvykle chápe jako velký počet jednotek, možná tisíce nebo miliony. Mezi těmito dvěma pojmy však neexistuje žádný ostrý rozdíl. Jedním z navržených kritérií je, zda se vlastnosti molekuly významně liší odstraněním jedné nebo několika jednotek.

oligomer se specifickým počtem jednotek je označován řeckou předponou označující toto číslo koncovkou-mer: dimer, trimer, tetramer, pentamer se tedy týkají molekul se dvěma, třemi, čtyřmi a pěti jednotkami. Jednotky z oligomeru mohou být uspořádány do lineárního řetězce (jako v melam, dimer melamin), uzavřený okruh (jako v trioxane, cyklický trimer formaldehydu), nebo složitější struktury (jako v telur tetrabromide, tetramer z TeBr
4 s cube-jako jádro). Pokud jsou jednotky identické, jeden má homo-oligomer; jinak lze použít hetero-oligomer. Příkladem homo-oligomerního proteinu je kolagen, který se skládá ze tří identických proteinových řetězců.

tetrapeptid, hetero-oligomer aminokyselin valin (zelený), glycin (černý), serin (Černý) a alanin (modrý). Jednotky byly spojeny kondenzací skupiny karboxylové kyseliny-C (=O) OH jednoho monomeru s aminovou skupinou H
2N− další.

Některé biologicky důležité oligomery se skládají z makromolekul jako jsou bílkoviny nebo nukleové kyseliny; například hemoglobin je tetramer proteinu. Oligomer aminokyselin se nazývá oligopeptid nebo jen peptid. Oligosacharid je oligomer monosacharidů (jednoduchých cukrů). Oligonukleotid je krátký jednovláknový fragment nukleové kyseliny, jako je DNA nebo RNA, nebo podobné fragmenty analogů nukleových kyselin, jako je peptidová nukleová kyselina nebo Morfoliny.

pentamerová jednotka hlavního kapsidového proteinu VP1. Každý monomer má jinou barvu.

jednotky oligomeru mohou být spojeny kovalentními vazbami, které mohou být výsledkem přeskupení vazeb nebo kondenzačních reakcí, nebo slabšími silami, jako jsou vodíkové vazby. Termín multimer (/mmlltmmər/) se používá v biochemii pro oligomery proteinů, které nejsou kovalentně vázány. Hlavní kapsidový protein VN1, který se skládá z pláště virus dětské obrny je self-montáž multimer 72 pentamers drží pohromadě místní elektrické náboje.

mnoho olejů je oligomerní, jako je kapalný parafin. Změkčovadla jsou oligomerní estery široce používané ke změkčení termoplastů, jako je PVC. Mohou být vyrobeny z monomerů jejich vzájemným spojením nebo oddělením od vyšších frakcí ropy. Polybuten je oligomerní olej používaný k výrobě tmelu.

Oligomerizace je chemický proces, který převádí monomery na makromolekulární komplexy konečným stupněm polymerace. Telomerizace je oligomerizace prováděná za podmínek, které vedou k přenosu řetězce, což omezuje velikost oligomerů. (Tento koncept nelze zaměňovat s tvorbou telomery, oblasti vysoce opakující se DNA na konci chromozomu.)