Oligomeeri

kemiassa ja biokemiassa oligomeeri (/əˈlɪɡəmər/ (Kuuntele) on molekyyli, joka koostuu muutamasta samanlaisesta tai identtisestä toistuvasta yksiköstä, jotka voidaan johtaa, todellisuudessa tai käsitteellisesti, pienemmän molekyylin, sen monomeerin kopioista. Nimi on muodostettu kreikkalaisista alkuaineista oligo -,” muutama ”ja-mer,”osat”. Adjektiivimuoto on oligomeerinen.

15-kruunu-5-kruunueetteri on syklinen oligomeeri ja sen monomeeri etyleenioksidi.

oligomeeri-käsitteen vastakohtana on polymeeri, jolla yleensä ymmärretään olevan suuri määrä yksiköitä, mahdollisesti tuhansia tai miljoonia. Näiden kahden käsitteen välillä ei kuitenkaan ole jyrkkää eroa. Yksi ehdotettu kriteeri on, vaihtelevatko molekyylin ominaisuudet merkittävästi yhden vai muutaman yksikön poistuessa.

oligomeeriin, jolla on tietty yksikkömäärä, viitataan kreikankielisellä etuliitteellä, joka ilmaisee kyseistä lukua päätteellä-mer: näin dimeeri, trimeeri, tetrameeri, pentameeri viittaavat molekyyleihin, joissa on vastaavasti kaksi, kolme, neljä ja viisi yksikköä. Oligomeerin yksiköt voidaan järjestää lineaariketjuun (kuten melamissa, melamiinin dimeerissä), suljettuun renkaaseen (kuten trioksaanissa, formaldehydin syklisessä trimeerissä) tai monimutkaisempaan rakenteeseen (kuten telluuritetrabromidissa, tebr: n tetrameerissä
4, jonka ydin on kuution kaltainen). Jos yksiköt ovat identtisiä, on olemassa homo-oligomeeri; muuten voidaan käyttää heterooligomeeriä. Esimerkki homo-oligomeerisesta proteiinista on kollageeni, joka koostuu kolmesta identtisestä proteiiniketjusta.

tetrapeptidi, valiinin (vihreä), glysiinin (musta), seriinin (musta) ja alaniinin (sininen) aminohappojen heteroligomeeri. Yksiköt yhdistettiin kondensoimalla yhden monomeerin karboksyylihapporyhmä –C(=O)OH seuraavan amiiniryhmän H
2n− kanssa.

jotkin biologisesti tärkeät oligomeerit koostuvat makromolekyyleistä kuten proteiineista tai nukleiinihapoista; esimerkiksi hemoglobiini on proteiinitetrameeri. Aminohappojen oligomeeriä kutsutaan oligopeptidiksi tai pelkäksi peptidiksi. Oligosakkaridi on monosakkaridien (yksinkertaiset sokerit) oligomeeri. Oligonukleotidi on lyhyt yksijuosteinen fragmentti nukleiinihaposta, kuten DNA: sta tai RNA: sta, tai vastaava fragmentti nukleiinihappojen analogeista, kuten peptidinukleiinihaposta tai Morfolinoista.

pentameeriyksikkö, joka kuuluu pääkapsidiproteiini VP1: een. Jokainen monomeeri on eri värinen.

oligomeerin yksiköt voivat olla yhteydessä toisiinsa kovalenttisilla sidoksilla, jotka voivat johtua sidosten uudelleenjärjestelystä tai kondensaatioreaktioista, tai heikommilla voimilla, kuten vetysidoksilla. Termiä multimeeri (/ˈm ˈltɪmər/) käytetään biokemiassa sellaisten proteiinien oligomeereista, jotka eivät ole kovalenttisesti sitoutuneita. Pääkapsidiproteiini VP1, joka sisältää polioviruksen kuoren, on 72 pentamerin itsekokoontuva multimeeri, jota paikalliset sähkövaraukset pitävät koossa.

monet öljyt ovat oligomeerisia, kuten nestemäinen parafiini. Pehmittimet ovat oligomeerisia estereitä, joita käytetään laajalti kestomuovien, kuten PVC: n, pehmentämiseen. Niitä voidaan valmistaa monomeereista liittämällä ne toisiinsa tai erottamalla raakaöljyn korkeammista jakeista. Polybuteeni on oligomeerinen öljy, jota käytetään Kitin valmistukseen.

Oligomerisaatio on kemiallinen prosessi, joka muuntaa monomeerit makromolekyylikomplekseiksi äärellisen polymeroitumisasteen avulla. Telomerisaatio on oligomerisaatio, joka suoritetaan olosuhteissa, jotka johtavat ketjun siirtymiseen, rajoittaen oligomeerien kokoa. (Tätä käsitettä ei tule sekoittaa telomeerin, kromosomin päässä olevan hyvin toistuvan DNA: n alueen muodostumiseen.)