Syvärakenne ja pintarakenne
varhaisessa transformaatiosyntaksissa syvärakenteet ovat kontekstivapaan kielen johdannaispuita. Nämä puut muutetaan sitten jaksolla puiden uudelleenkirjoitustoimia (”transformations”) pintarakenteiksi. Pintarakennepuun päätehyöty, pintamuoto, ennustetaan tällöin tutkittavan kielen kieliopilliseksi lauseeksi. Syvärakenteen rooli ja merkitys muuttui paljon Chomskyn kehittäessä teorioitaan, ja 1990-luvun puolivälin jälkeen syvärakenteessa ei ole enää lainkaan (katso minimalistinen ohjelma).
on houkuttelevaa katsoa syvärakenteiden edustavan merkityksiä ja pintarakenteiden edustavan lauseita, jotka ilmaisevat näitä merkityksiä, mutta tämä ei ole Chomskyn suosima syvärakenteen käsite. Sen sijaan lause vastaa lähemmin siitä johdetun pintarakenteen kanssa paritettua syvärakennetta, jonka pintarakennetta käsittelemällä saadaan ylimääräinen foneettinen muoto. On esitetty vaihtelevasti, että lauseen tulkinta määräytyy pelkästään sen syvän rakenteen, sen syvän ja pintarakenteiden yhdistelmän tai jonkin muun edustuksen tason (loogisen muodon) perusteella, kuten Chomskyn oppilas Robert May esitti vuonna 1977. Chomsky lienee alustavasti viihdyttänyt ensimmäistä näistä ideoista 1960-luvun alussa, mutta siirtyi siitä nopeasti toiseen ja lopulta kolmanteen. Koko 1960-ja 1970-luvun ajan generatiivinen semantiikkaliike puolusti voimakkaasti ensimmäistä vaihtoehtoa ja synnytti katkeran keskustelun, ”kielitieteelliset sodat”.
Chomsky totesi jo varhaisvuosinaan, että erottamalla syvärakenteet pintarakenteista voitiin ymmärtää ”lipsahdusmomentteja” (joissa joku sanoo jotain, mitä hän ei tarkoittanut) tapauksina, joissa syvärakenteet eivät muutu tarkoitetuksi pintarakenteeksi.