Mélystruktúra és felületstruktúra
a korai transzformációs szintaxisban a mélystruktúrák egy kontextusmentes nyelv levezetési fái. Ezeket a fákat ezután a fa átírási műveletek (“átalakítások”) sorozata felületi struktúrákká alakítja. A felületi struktúra fa végső hozama, a felszíni forma, ezután az előrejelzések szerint a vizsgált nyelv nyelvtani mondata lesz. A deep structure szerepe és jelentősége sokat változott, ahogy Chomsky kifejlesztette elméleteit, és az 1990-es évek közepétől a deep structure már egyáltalán nem szerepel (lásd minimalista program).
kísértés, hogy a mély struktúrákat jelentéseknek, a felszíni struktúrákat pedig olyan mondatoknak tekintsék, amelyek kifejezik ezeket a jelentéseket, de ez nem a mély struktúra fogalma, amelyet Chomsky kedvelt. Inkább egy mondat jobban megfelel egy mély szerkezetnek, amely párosul az abból származó felületi szerkezettel, egy további fonetikus formával, amelyet a felületi szerkezet feldolgozásával nyernek. Különböző felvetések szerint egy mondat értelmezését önmagában a mély szerkezete, a mély és a felszíni struktúrák kombinációja vagy a reprezentáció valamilyen más szintje határozza meg (logikai forma), amint azt Chomsky tanítványa 1977-ben állította Robert May. Lehet, hogy Chomsky az 1960-as évek elején próbaképpen szórakoztatta ezen ötletek közül az elsőt, de gyorsan elmozdult tőle a másodikra, végül a harmadikra. Az 1960-as és 1970-es években a generatív szemantikai mozgalom erőteljesen védelmezte az első lehetőséget, és heves vitát váltott ki, a “Nyelvészeti háborúkat”.
Chomsky korai éveiben megjegyezte, hogy a mély struktúrák felszíni struktúráktól való elválasztásával megérthetjük a “nyelvcsúszás” pillanatait (amikor valaki mond valamit, amit nem szándékozott), mint olyan eseteket, amikor a mély struktúrák nem fordulnak le a tervezett felületi struktúrába.