Oligomer

i kemi och biokemi, en oligomer (/auclul uclum uclur/ (lyssna)) är en molekyl som består av några liknande eller identiska upprepande enheter som kan härledas, faktiskt eller konceptuellt, från kopior av en mindre molekyl, dess monomer. Namnet består av grekiska element oligo -,” några ”och-mer,”delar”. En adjektivform är oligomer.

15-Krona-5 kroneter, en cyklisk oligomer och dess monomer, etylenoxid.

oligomerkonceptet står i kontrast till det hos en polymer som vanligtvis förstås ha ett stort antal enheter, möjligen tusentals eller miljoner. Det finns emellertid ingen skarp skillnad mellan dessa två begrepp. Ett föreslaget kriterium är om molekylens egenskaper varierar signifikant med avlägsnandet av en eller några av enheterna.

en oligomer med ett visst antal enheter hänvisas till av det grekiska prefixet som anger det numret med slutet-mer: således dimer, trimer, tetramer, pentamer hänvisar till molekyler med två, tre, fyra respektive fem enheter. Enheterna i en oligomer kan ordnas i en linjär kedja (som i melam, en dimer av melamin), en sluten ring (som i trioxan, en cyklisk trimer av formaldehyd) eller mer komplex struktur (som i tellurtetrabromid, en tetramer av TeBr
4 med en kubliknande kärna). Om enheterna är identiska har man en homo-oligomer; annars kan man använda hetero-oligomer. Ett exempel på ett homo-oligomerprotein är kollagen, som består av tre identiska proteinkedjor.

en tetrapeptid, en hetero-oligomer av aminosyrorna valin (grön), glycin (svart), serin (svart) och alanin (blå). Enheterna förenades genom kondensation av karboxylsyragruppen –C(=O)OH av en monomer med amingruppen H
2n− av nästa.

vissa biologiskt viktiga oligomerer består av makromolekyler som proteiner eller nukleinsyror; till exempel är hemoglobin en proteintetramer. En oligomer av aminosyror kallas en oligopeptid eller bara en peptid. En oligosackarid är en oligomer av monosackarider (enkla sockerarter). En oligonukleotid är ett kort enkelsträngat fragment av nukleinsyra, såsom DNA eller RNA, eller liknande fragment av analoger av nukleinsyror, såsom peptidnukleinsyra eller Morfolinos.

en pentamerenhet av huvudkapsidproteinet VP1. Varje monomer är i en annan färg.

enheterna i en oligomer kan vara förbundna med kovalenta bindningar, som kan vara resultatet av bindningsomläggning eller kondensationsreaktioner, eller av svagare krafter såsom vätebindningar. Termen multimer (/ används i biokemi för oligomerer av proteiner som inte är kovalent bundna. Det huvudsakliga kapsidproteinet VP1 som innefattar skalet av polioviruset är en självmonterande multimer av 72 pentamers som hålls samman av lokala elektriska laddningar.

många oljor är oligomera, såsom flytande paraffin. Mjukgörare är oligomera estrar som ofta används för att mjukna termoplaster som PVC. De kan framställas av monomerer genom att koppla ihop dem eller genom separation från de högre fraktionerna av råolja. Polybuten är en oligomerolja som används för att göra kitt.

Oligomerisering är en kemisk process som omvandlar monomerer till makromolekylära komplex genom en ändlig polymerisationsgrad. Telomerisering är en oligomerisering som utförs under förhållanden som resulterar i kedjeöverföring, vilket begränsar storleken på oligomererna. (Detta koncept ska inte förväxlas med bildandet av en telomer, en region med mycket repetitivt DNA i slutet av en kromosom.)